Кафедра хірургії №2 створена 1 червня 2016 року, як результат реформування кафедри загальної та малоінвазивної хірургії, яка в свою чергу була створена 2 червня 2014 року на базі кафедри ендоскопії з малоінвазивною хірургією, урологією, ортопедією та травматологією.